Αποτελώντας μέλος της ομάδας της Α.Ε.Κ. για το σύνολο της καριέρας του, αποτελεί έναν από τους πιο εξέχοντες ποδοσφαιριστές που φόρεσαν τη φανέλα της.
Ξεκίνησε από τις ακαδημίες της Α.Ε.Κ. και για 19 χρόνια ήταν αναντικατάστατο μέλος της ομάδας. Αγωνιζόταν στην άμυνα και φημιζόταν για το αποτελεσματικό παιχνίδι του. Συμμετείχε σε 447 αγώνες με τη φανέλα της ΑΕΚ από το 1979 έως το 1998.
Τίτλοι
Με την ΑΕΚ κέρδισε πολλούς τίτλους:
5 Πρωταθλήματα: 1979, 1989, 1992, 1993, 1994
3 Kύπελλα Ελλάδος: 1983 , 1996, 1997
1 Λιγκ Καπ: 1990
2 Σούπερ Καπ: 1989, 1996
1 Μεσογειακο Κυπελλο: 1990
Μετέπειτα καριέρα
Μετά την ολοκλήρωση της καριέρας του ως ποδοσφαιριστής, ο Στέλιος Μανωλάς εργάστηκε σαν προπονητής της Εθνικής Ελλάδος Ελπίδων (U-21), ενώ υπήρξε για ένα διάστημα τεχνικός διευθυντής του ποδοσφαιρικού τμήματος της Α.Ε.Κ., θέση από την οποία παραιτήθηκε το καλοκαίρι του 2009.