Ο πατέρας του, Γεώργιος, ήταν συνιδρυτής του South Melbourne FC , μια αυστραλιανή λέσχη ποδοσφαίρου στενούς δεσμούς με την ελληνική κοινότητα. Μετακόμισε στην Ελλάδα στην ηλικία των δεκατριών.
Ξεκίνησε την ποδοσφαιρική του καριέρα το 1980 στο Βύζα και ύστερα από µία πετυχηµένη παρουσία εκεί αλλά και σε Φωστήρα, ο Γιάννης Σαµαράς µεταγράφηκε στον ΟΦΗ όπου και καθιερώθηκε ως ένας από τους κορυφαίους φορ του ελληνικού πρωταθλήµατος. Μεταγράφηκε στον Παναθηναϊκό χωρίς να έχει την ανάλογη πορεία
.Το 1991, ο Σαμαράς επέστρεψε στην Κρήτη, παίζοντας 103 παιχνίδια και σταμάτησε το ποδόσφαιρο το 1996. Ο Σαμαράς είχε 16 συμμετοχές για την ελληνική εθνική ομάδα μεταξύ 1986 και 1990.
Ο γιός του Γιώργος Σαµαράς (γεννήθηκε στις 21 Φεβρουαρίου του 1985 στο Ηράκλειο), είναι µέλος της Εθνικής Ανδρών,και έχει αγωνισθεί σε Χέρενφεν, Μάντσεστερ Σίτι και Σέλτικ. 
Ο Γιάννης Σαμαράς είναι πρώην προπονητής του ΟΦΗ ,έσωσε κάποτε την παρτίδα στα μπαράζ με τον ΠΑΣ Γιάννινα το 2001 και την περίοδο 2001-02 παραλίγο να οδηγήσει την ομάδα στο Κύπελλο Uefa. Το καλοκαίρι του 2002 ο Γιάννης Σαμαράς αποχώρησε και την ομάδα ανέλαβε ο Τσέχος Ζντένεκ Σκάζνι. Ακόμα εργαστηκε ώς μέλος του τεχνικού τιμ της Χερενφέιν και διορίστηκε στις 26 Ιούλη 2010 ως νέος Τεχνικός Διευθυντής της ΠΑΕ Παναθηναϊκός ακαδημίες, αντικαθιστώντας τον Νίκο Kοβη. . 
